Συνήθως μετά την συλλογή του καρπού πολλοί παραγωγοί αρχίζουν το κλάδεμα αφαιρώντας την παλιά βλάστηση και καθαρίζοντας τα δέντρο από σπασμένα, ξηρά, αδύναμα και άρρωστα κλαδιά.

Τα κλαδέματα αυτά συχνά καταλήγουν σε στοίβες μέσα στα λιόφυτα και στη συνέχεια καίγονται με αποτέλεσμα να χάνεται πολύτιμο οργανικό υλικό το οποίο μπορεί να αξιοποιηθεί με διάφορες πρακτικές  όπως η κομποστοποίηση και η ενσωμάτωση του στο έδαφος.

Στην κομποστοποίηση τα υπολείμματα των κλαδεμάτων συγκεντρώνονται σε σωρό και αφού τεμαχιστούν σε μικρότερα κομμάτια με την βοήθεια μηχανημάτων τεμαχισμού ή θρυμματισμού (κλαδοθρυμματιστές) τοποθετούνται σε ανοιχτό χώρο στον ελαιώνα. Εκεί αφού αναδευτούν και διαβραχούν σκεπάζονται με χώμα για να αναπτυχθούν υψηλές θερμοκρασίες και να ξεκινήσει η διαδικασία της αποσύνθεσης. Για την ταχύτερη αποδόμηση των υλικών μπορούν να χρησιμοποιηθούν διάφοροι μικροοργανισμοί. Ανά τακτά διαστήματα θα πρέπει να γίνεται έλεγχος της υγρασίας των υλικών και αναμόχλευση τους για την εξασφάλιση σταθερής ροής αέρα.  Μετά από 3-5 μήνες το φυσικό προϊόν που δημιουργείται (κομπόστ), πλούσιο σε θρεπτικά συστατικά,  είναι έτοιμο να ενσωματωθεί στο έδαφος με την χρήση καλλιεργητή ή φρέζας. Η ενσωμάτωση του γίνεται κυρίως κατά τους ανοιξιάτικους μήνες (Μάρτιο -Απρίλιο) όπου οι ανάγκες της ελιάς σε οργανική ουσία είναι αυξημένες.

Εν αντιθέσει με την κομποστοποίηση η ενσωμάτωση των κλαδεμάτων στο έδαφος είναι μια διαδικασία λιγότερο χρονοβόρα. Πραγματοποιείται με τεμαχισμό των κλαδιών από τον καταστροφέα και την απευθείας εναπόθεση των τεμαχισμένων υλικών  στην επιφάνεια του εδάφους . Η επικάλυψη του εδάφους με τα υπολείμματα των κλαδεμάτων περιορίζει την ανάπτυξη ζιζανίων και συμβάλλει στην καλύτερη αποθήκευση του βρόχινου νερού. Είναι προτιμότερο η ενσωμάτωση να γίνει αμέσως μετά τη συγκομιδή, όταν το έδαφος έχει ακόμα κάποια υγρασία για να αρχίσει η διάσπαση των  υλικών.

Για την αποφυγή του κινδύνου μόλυνσης των υγιών ελαιόδεντρων, πριν την εφαρμογή του κομπόστ ή της ενσωμάτωσης των τεμαχισμένων/θρυμματισμένων κλαδιών στο έδαφος είναι απαραίτητη η απομάκρυνση των ασθενών κλάδων και η συγκέντρωση τους σε σημείο εκτός της περιμέτρου του χωραφιού.

Όποια πρακτική εφαρμοστεί επιφέρει σημαντική βελτίωση στη δομή και στο πορώδες του εδάφους  ενώ παράλληλα συμβάλλει στη μείωση των εκλυόμενων αερίων του θερμοκηπίου και στον περιορισμό χρήσης λιπασμάτων.